Misją Muzeum Ziemi Karlińskiej jest ochrona materialnego i duchowego dziedzictwa kulturowego związanego z historią ziemi karlińskiej. Muzeum wypełnia ją poprzez gromadzenie, przechowywanie, konserwację i udostępnianie do celów badawczych i wystawienniczych dóbr kultury związanych z historią, etnografią, archeologią i sztuką regionu, organizując wystawy, popularyzując wiedzę, prowadząc działania edukacyjne. W tym celu Muzeum współdziała z osobami fizycznymi, jednostkami samorządu terytorialnego, instytucjami, urzędami i firmami działającymi w regionie.